La chiesa ed il convento di Sant'Agostino rappresentano uno dei più importanti monumenti agostiniani esistenti in Umbria. La sua edificazione fu autorizzata da papa Giovanni XXII con la Bolla Pontificia del 1334. La chiesa gotica subì vari rimaneggiamenti nel corso dei secoli; verso la metà del XVIII secolo si ebbe l'intervento più consistente, che ne modificò radicalmente l'interno, eliminando gli arconi di sostegno e la copertura a capriate. A quest'epoca si devono pure alcune decorazioni, come la fastosa cornice a stucco dell'abside e gli altari, tra cui il primo a sinistra, dedicato alla Madonna del Carmine.
Lungo la navata furono sistemate le quattro statue di San Macario, San Michele Arcangelo, San Sebastiano e San Rocco. Proprio a San Sebastiano e San Rocco era intitolata una confraternita che aveva sede nella chiesa di Sant'Agostino. Nell'abside, sopra il coro ligneo del XVIII secolo, si trovava fino al 1879 il gonfalone dipinto da Benedetto Bonfigli (e aiuti) nel 1472 per questa chiesa, ora conservato nella Parrocchiale di Santa Maria. Con l'unità d'Italia la chiesa passò nel demanio dello Stato; attualmente è di proprietà del Fondo Culto del Ministero degli Interni.
